Některé školy jsou řazeny mezi tzv. alternativní. Tyto školy používají jiné osnovy, s důrazem na nefrontální metody výuky (škola hrou či prožitkem, spojování vyučovacích předmětů či různých ročníků do tematických celků, používání projektové a skupinové výuky) a jiné metody hodnocení (slovní hodnocení či dokonce absence hodnocení vůbec). Osnovy těchto alternativních škol musí projít schválením MŠMT. Častěji se jedná o školy soukromé, ale existují i státní školy s alternativními metodami výuky. Alternativní školy v Česku vznikají až po roce 1990.

Zvláštní skupinu alternativního školství tvoří metodiky, které vycházejí sice z norem klasického státního školství, posunují ale tyto normy směrem k moderním přístupům charakteristickým často právě pro alternativní školství. Nejvýznamnější takovouto metodikou je Začít spolu (český termín pro mezinárodní program Step by Step).