V čele základní školy je ředitel, který má jednoho nebo více zástupců. Ředitel je vybírán ve výběrovém řízení za účasti zřizovatele (u státních škol obec nebo kraj) a jednotlivých učitelů.

Kvalifikací učitele prvního stupně je pedagogická fakulta, čtyřleté magisterské studium. Takto kvalifikovaný učitel učí zpravidla všechny vyučovací předměty, které na prvním stupni žáci určité třídy mají a vykonává zároveň v této třídě i funkci třídního učitele.

Kvalifikací učitele druhého stupně je pedagogická fakulta, pětileté magisterské studium. Vyučované předměty jsou dány jeho aprobací, zpravidla jde o dva předměty (např. matematika a fyzika). Tyto předměty vyučuje v různých třídách, v některé může vykonávat i funkci třídního učitele. Učitel je placen zřizovatelem, ve skutečnosti ovšem stát, protože kraj či obec dostávají na platy učitelů přesně napočítané příspěvky ze státního rozpočtu. Platy učitelů se řídí tabulkami pro platy státních zaměstnanců, 11. a 12. platová třída, ředitel má zpravidla 13. platovou třídu.

Jak může taková struktura vypadat

Velké školy, které mají několik desítek, popř. i set žáků v jednom ročníku, mají v každém ročníku několik tříd. Třídy jsou označovány číslicí označující pořadí ročníku a velkým písmenem latinské abecedy (např. 9.B). Naopak školy, které mají velmi malé množství žáků (méně než 15 v ročníku), musí požádat MŠMT o výjimku. Bez této výjimky je škola uzavřena.

Výjimka bývá udělována u vesnických škol, kde by dojíždění žáků do nejbližší větší školy bylo přílišnou zátěží. Většinou je výjimka udělována jen na první stupeň. Pokud škola výjimku dostane, zpravidla spojují několik ročníků do jedné třídy.

Kromě úplných základních škol se tak rozlišují neúplné (jsou v nich jen některé ročníky, např. jen první stupeň), malotřídky (dochází ke spojování dvou ročníků do jedné třídy) a velmi řídce existující jednotřídky (všechny ročníky jsou spojeny do jedné třídy). Malotřídky a zejména jednotřídky poskytují zpravidla nižší kvalitu výuky, proto jsou ospravedlnitelné jen tam, kde by dojíždění navíc skutečně značně zatěžovalo děti.

Jeden z učitelů na škole působí též jako výchovný poradce, dalšími speciálními kompetencemi jsou protidrogová prevence a poradce pro ekologickou výchovu. Dále je na škole zaměstnán školník, v některých případech též psycholog.